一個名為“阿卡姆”的民間組織受到遠古文明留下的訊息啟發而成立。旨在保護及封印超古代文明的危險遺跡。加入“阿卡姆”的特殊工作人員，人們稱之為SPRIGGAN。其中實力No.1的特工是一位叫作御神苗優（森久保祥太郎 配音）的十七歲少年。在土耳其的一次調查工作中，“阿卡姆”竟無意地發現了諾亞方舟。方舟隱藏著毀天滅地的神秘力量，于是很多組織都開始窺伺這個傳說中的遠古遺跡。美國派出了半機械改造人小隊與“阿卡姆”展開激烈的遺跡爭奪戰。而其中一個以神自稱的改造人少年竟想私自利用挪亞方舟引發第二次洪水滅世……御神苗優是否能夠阻止這一瘋狂的計劃呢？世界將會走向滅亡嗎？